玉米地方品種間雜交F1家系群體中數量性狀遺傳的關聯分析

一、關聯分析的定義

關聯分析(association analysis)，又稱連鎖不平衡作圖(LD mapping)或關聯作圖(association mapping)，是利用不同基因座等位變異(基因)間的連鎖不平衡關系，進行標記與性狀的相關性分析，以達到鑒定特定目標性狀基因(或染色體區段)的目的。

二、連鎖不平衡的定義

連鎖不平衡，又稱等位基因關聯，是指群體內不同位點上基因間的非隨機性關聯，它既包括染色體內的連鎖不平衡，又包括染色體間的連鎖不平衡，在關聯分析中利用的是染色體內的連鎖不平衡，它是關聯分析的基礎。

關聯分析的策略

                                               基于全基因組的關聯分析                          基于候選基因的關聯分析

 四、關聯分析的優勢

                DP1 X DP2

                                                 

                      正反交群體及不同模型下F1家系間的關聯分析

                                                

                 基于玉米地方品種雜交F1家系間關聯分析有效性模擬研究

 

 

表型數據分析

                         

                                           

                           

     對所有性狀數據進行                 MEAN   STDEV   MAX     MIN    CV(%)
                                 株高 232.23  35.24  317.00  151.00  15.18 
     主成分分析，前兩主         穗位高 103.47   25.55  203.00  54.00  24.70 
                                 穗長  13.59    2.24   19.00   6.70   16.52 
                                 禿尖   3.85    2.13   10.50   0.30   55.45 
     成分不能把家系明顯           穗粗   4.77    0.37    5.80   3.70    7.74
                                 軸徑   2.96    0.25    4.00   2.40    8.59 
                                 粒深   0.90    0.14    1.20   0.50   15.76 
     分開。                      穗行   13.90    1.72   18.00  10.00  12.35 
                                 行粒   22.93    5.73   37.00  11.00  25.00
                               穗粒重  129.92   35.03  221.70  43.30  26.97
                                 軸重   29.96    9.64   61.70  10.30  32.19
                                 粒重   99.20   29.08  177.20  32.10  29.32 
                               百粒重   34.28    5.40   55.30  18.50  15.77

基于SSR標記的遺傳多樣性分析